Η τριμελής εξεταστική επιτροπή περιλαμβάνει τον επιβλέποντα και 2 μέλη και ορίζεται από τη Συντονιστική Επιτροπή. Τα μέλη της επιτροπής πρέπει να έχουν την ίδια ή συναφή επιστημονική ειδικότητα με το γνωστικό αντικείμενο του ΠΜΣ.
Σε εξαιρετικές περιπτώσεις, αν υφίσταται αντικειμενική αδυναμία ή σπουδαίος λόγος, είναι δυνατή η αντικατάσταση του επιβλέποντα ή μέλους της Τριμελούς Εξεταστικής Επιτροπής (π.χ. επί παραίτησής του) μετά από απόφαση της ΣΕ.
Η τριμελής εξεταστική επιτροπή δίνει τη συγκατάθεσή της για την υπεράσπιση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας, μέσω εντύπου (χορηγείται από τη γραμματεία του ΠΜΣ), το οποίο, αφού συμπληρωθεί, κατατίθεται στη γραμματεία του ΠΜΣ. Το έντυπο πρέπει να φέρει την υπογραφή όλων των μελών της εξεταστικής επιτροπής. Σε κάθε περίπτωση διαφωνίας ενός μέλους, αυτό θα πρέπει σε αποκλειστική προθεσμία 15 ημερών να υποβάλλει εγγράφως τις ενστάσεις του, η τελική δε απόφαση κρίνεται από την ΣΕ.
